СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ГИДРОГЕЛЯ С ТЕРМООТЩЕПЛЯЕМЫМИ НУКЛЕИНОВЫМИ КИСЛОТАМИ

Настоящее изобретение относится к способу получения гидрогеля с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами, включающему: а) изготовление твердой полимерной подложки из полиэтилентерефталата с фотоактивной поверхностью; б) получение ячеек кросс-сшитой модифицированной агарозы: гидрогелиевых ячеек, связанных ковалентными связями с полимерной подложкой, где модификацию агарозы проводят хлоруксусной кислотой в щелочных условиях с последующим введением фрагмента метакриловой кислоты с помощью ангидрида метакриловой кислоты, а затем проводят обработку бромуксусной кислотой и триэтиламином с последующим образованием связанного с агарозой полигликолевого линкера с концевой карбоксильной группой; в) иммобилизация в гидрогелиевые ячейки нуклеиновых кислот. Настоящее изобретение обеспечивает разработку более эффективного способа изготовления полимерной подложки с фотоактивной поверхностью и введения в природный полимер, агарозу, химических групп, придающих агарозе новые дополнительные свойства, с сохранением ...

Способ получения модифицированных комбинаторных ДНК библиотек методом твердофазной реакции удлинения праймера на ПЭТ-микрочастицах

Дезоксиуридинтрифосфаты, маркированные цвитерионными индоцианиновыми красителями

Данное изобретение относится к применимым в качестве флуоресцентных меток для ферментативного маркирования ДНК в ходе ПЦР нуклеозидтрифосфатам и промежуточным соединениям для их получения. Предложены соединения формул:,,где Y представляет собой -(СН)-; -(CH)-; -(СН)CONH(СН)-; Х представляет собой -СН-; -CHCONH(CH)-; -CHCONH(CH)CONH(CH)-; Mпредставляет собой H, Na, Li, K, [CH(CH)]NH, где n=0-5, m=0-4. Предложены соединения формул:,,,где R представляет собой -ОН; -NH(CH)COOH; -NH(CH)CONH(CH)COOH; m=3-5. Предложено соединение формулы,где R представляет собой -NH(CH)COOH; -NH(CH)CONH(CH)COOH при m=3 или R представляет собой -ОН; -NH(CH)COOH; -NH(CH)CONH(CH)COOH при m=5. Предложены новые соединения, эффективные в качестве флуоресцентных меток для ферментативного маркирования ДНК в ходе ПЦР, а также новые соединения для получения указанных соединений. 7 н. и 6 з.п. ф-лы, 43 пр., 3 табл., 5 ил.

ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЕ ИНДОЦИАНИНОВЫЕ КРАСИТЕЛИ И ИХ ПРОИЗВОДНЫЕ ДЛЯ АНАЛИЗА БИОЛОГИЧЕСКИХ МАКРОМОЛЕКУЛ

Синтезировано два ряда индолениновых пентаметиновых красителей (37 соединений), содержащих реактивную группу в третьем и пятом положениях индоленинового цикла соответственно. Разработан способ получения, выделения и очистки красителей и их предшественников. Для заявляемых красителей определены максимумы поглощения и флуоресценции, коэффициенты молекулярной экстинкции, квантовые выходы флуоресценции, относительная эффективность флуоресценции при возбуждении на длине волны 635 нм (регистрация 670 нм) и 655 нм (регистрация 690 нм), относительная светостойкость, сравнительная чувствительность обнаружения маркированных олигонуклеотидов на биочипах. Показано применение заявляемых красителей для использования в качестве флуоресцентных меток для олигонуклеотидных и белковых микрочипов.

Способ получения альфа-фетопротеина, иммобилизованного на ПЭТ-микрочастицах

Изобретение относится к области биохимии, молекулярной биологии и биотехнологии, а именно к реагенту на основе альфа-фетопротеина, иммобилизованного на поверхности твердых микрочастиц полиэтилентерефталата (ПЭТ-микрочастицы), а также к способу сайт-специфичной ковалентной иммобилизации альфа-фетопротеина на поверхности функционализованных ПЭТ-микрочастиц за гликозидный фрагмент белка. 2 н.п. ф-лы, 11 пр., 1 ил.

Способ ферментативного получения модифицированных ДНК для создания реагентов, специфично связывающихся с гидрофобными участками высокомолекулярных органических соединений

Способ термической диссоциации для проведения селекции ДНК-аптамеров

Изобретение относится к области молекулярной биологии, энзимологии, биотехнологии и медицины и предназначено для получения ДНК-аптамеров. Способ включает: (а) предварительное обогащение комбинаторной ДНК-библиотеки путем образования ее комплекса с иммобилизованной белковой мишенью (альфа-фетопротеин человека; АФП) и проведения раундов селекции; (б) образование комплекса полученной библиотеки с раствором нативного (неиммобилизованного) АФП; (в) отделение комплексов ДНК/АФП от несвязавшихся ДНК-олигонуклеотидов методом акриламидного электрофореза; (г) экстракцию связавшейся с АФП ДНК из акриламидного геля при 37°С; (д) термическую диссоциацию оставшейся в виде комплекса с АФП ДНК из геля при 60°С; (е) амплификацию ДНК после термической диссоциации. После проведения раундов селекции с использованием термической диссоциации получают обогащенную ДНК-библиотеку, пригодную для секвенирования. Использование термической диссоциации, благодаря созданию более жестких условий отмывки связавшихся с ...

Флуоресцентно-меченые дезоксиуридинтрифосфаты

Изобретение относится к флуоресцентно-меченым дезоксиуридин трифосфатам, которые могут найти применение в качестве меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР. Предложенные соединения включают в себя 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1-(4-сульфонатобутил)-1'-этилиндодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1,1'-ди-(4-сульфонатобутил))индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1'-(4-сульфонатобутил)-1-этилиндодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-5'-сульфо-1,1'-диэтил-индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1,1'-диэтил-5-сульфо-индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(1-(4-сульфонатобутил)-3,3,3',3'-тетраметил-1'-этилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5- ...

Способ ферментативного получения модифицированных ДНК для создания реагентов, специфично связывающихся с гидрофобными участками высокомолекулярных органических соединений

Группа изобретений относится к молекулярной биологии, органическому синтезу, энзимологии, биотехнологии и медицине. Предложен способ ферментативного получения модифицированных одноцепочечных ДНК для создания реагентов, способных специфично связываться с гидрофобными участками высокомолекулярных органических соединений. Метод основан на проведении полимеразной цепной реакции, либо транскрипции, либо обратной транскрипции, либо реакции удлинения праймера с использованием модифицированных трифосфатов дезоксиуридина, немодифицированных цепей ДНК с заданной последовательностью, высокоспецифичных фланкирующих праймеров, где 3’-праймер биотинилирован по 5’-концу, полимеразы KOD XL или Deep Vent. Модифицированные цепи ДНК отделяются от немодифицированных цепей ДНК с помощью магнитных частиц с ковалентно пришитыми к их поверхности молекулами стрептавидина, либо методом с применением λ-экзонуклеазы. Полученные одноцепочечные ДНК с модификациями способны взаимодействовать с гидрофобными участками ...

Дезоксиуридинтрифосфаты, связанные с цианиновыми красителями сульфамидоалкильными линкерами, для использования в ПЦР

Изобретение относится к новым соединениям, которые могут найти применение в медицине, характеризующимся структурной формулойили,где Rпредставляет собой -Н, -СН; Rпредставляет собой –Н, -СНОН, -(CH)S(O)CH; Rпредставляет собой -Н, pNP, NHS; n=0-5, m=1-3, Мпредставляет собой Na, Li, K, (CH)NH(где у=1,4). Предложенный способ получения указанных соединений состоит в непосредственной модификации натриевой соли соответствующего индоцианинового красителя, содержащей две сульфогруппы, путем превращения одной из сульфогрупп в положении 5 индоленинового фрагмента в карбоксиалкилсульфамидную группу. Предложены новые производные нуклеотидов, эффективные в качестве флуоресцентных меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР, а также эффективный способ их получения. 4 н. и 3 з.п. ф-лы, 21 пр., 2 табл., 2 ил.

Способ получения альфа-фетопротеина иммобилизованного на ПЭТ микрочастицах

СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ГИДРОГЕЛЯ С ТЕРМООТЩЕПЛЯЕМЫМИ НУКЛЕИНОВЫМИ КИСЛОТАМИ

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СУБСТРАТНОЙ СОВМЕСТИМОСТИ МОДИФИЦИРОВАННЫХ ТРИФОСФАТОВ ДЕЗОКСИУРИДИНА И ДНК-ПОЛИМЕРАЗ СОЧЕТАНИЕМ МЕТОДОВ КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ПЦР И ЭЛЕКТРОФОРЕЗА

Изобретение относится к области молекулярной биологии, органической химии, биотехнологии, микробиологии и медицины. Заявлен способ определения субстратной совместимости модифицированных трифосфатов дезоксиуридина и ДНК-полимераз сочетанием методом количественной ПЦР и электрофореза. Сущность изобретения заключается в том, что совместимость модифицированных нуклеозидтрифосфатов и ДНК-полимераз определяется сочетанием методов: количественной ПЦР в режиме реального времени на матрице "условно двухцепочечной" ДНК, составленной из двух синтетических олигонуклеотидов с вырожденной центральной частью с взаимно комплементарными фланкирующими частями при полной замене природного нуклеотида на модифицированный аналог; количественной ПЦР в режиме реального времени на бактериальной ДНК-матрице, представляющей собой ПЦР-продукт фрагмента гена rpoB длиной 215 п.н. с амплификацией "вложенного" короткого внутреннего фрагмента длиной 126 п.н. при полной замене природного нуклеотида на модифицированный аналог ...

Способ определения субстратной эффективности производных трифосфатов дезоксиуридина для ДНК-полимераз методом реакции достраивания праймера

Настоящее изобретение относится к области биотехнологии и обеспечивает определение субстратной совместимости свойств производных 2`-дезоксиуридин-5`-трифосфатов и матричнозависимых ДНК-полимераз. Изобретение может быть использовано при получении модифицированных фрагментов ДНК, а также при получении высокоэффективных модифицированных аптамеров методом SELEX. 8 з.п. ф-лы, 2 ил., 1 табл., 3 пр.

Дезоксиуридинтрифосфаты, маркированные цвитерионными индоцианиновыми красителями

Способ получения модифицированных комбинаторных ДНК библиотек методом твердофазной реакции удлинения праймера на ПЭТ-микрочастицах

Настоящее изобретение относится к области органической химии, биохимии и молекулярной биологии. Описан способ получения комбинаторных ДНК-библиотек, содержащих модифицированные нуклеотиды, предназначенные для специфического связывания с молекулярными мишенями. Сущность изобретение заключается в том, что для получения комбинаторной модифицированной одноцепочечной ДНК-библиотеки используется комбинаторная одноцепочечная ДНК-библиотека из природных нуклеотидов и комплементарная модифицированная ДНК синтезируется в ходе матрично-зависимой высокоспецифичной ферментативной реакции удлинения праймера (primer extension) при полной замене одного из природных нуклеотидов на модифицированный аналог. Для реакции удлинения праймера предлагаются Deep Vent(exo-) и KOD XL ДНК-полимеразы и модифицированные трифосфаты дезоксиуридина с заместителями по С5-положению уридинового основания, которые полностью взаимосовместимы. При синтезе модифицированных ДНК используется один тип праймеров, закрепленных на поверхности ...