ОЦЕНКА АКТИВНОСТИ КЛЕТОЧНЫХ СИГНАЛЬНЫХ ПУТЕЙ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЕРОЯТНОСТНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ЭКСПРЕССИИ ЦЕЛЕВЫХ ГЕНОВ

Настоящая группа изобретений относится к биоинформатике. Предложен способ определения активности клеточного сигнального пути на основе уровней экспрессии по меньшей мере трех целевых генов, а также устройство для осуществления такого способа. Данная группа изобретений может найти применение в диагностике различных заболеваний. 2 н. и 8 з.п. ф-лы, 42 ил., 12 табл., 16 пр.

КАРТРИДЖ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ПОДГОТОВКИ БИОЛОГИЧЕСКОГО ОБРАЗЦА

Изобретение относится к картриджу для обработки биологического образца. Картридж содержит корпус с реакционной камерой, системой подачи текучей среды и системой отвода текучей среды. В реакционной камере имеется отверстие, которое может закрываться подложкой, несущей образец. Система подачи текучей среды обеспечивает поступление по меньшей мере одного текучего реагента в реакционную камеру. Система подачи текучей среды, реакционная камера с подложкой, закрывающей ее отверстие, и система отвода текучей среды являются закрытыми для обмена жидкостями с окружающей средой. Подложка может прикрепляться к корпусу картриджа с помощью адгезии, склеивания, вакуумной камеры, прижатия или электромагнитных сил. Высота реакционной камеры над подложкой составляет менее 200 мкм, предпочтительно менее 50 мкм. Обеспечивается закрытость системы, включающей картридж и подложку, от окружающей среды, отсутствие опасности внесения загрязнения в образец из окружающей среды или загрязнения окружающей среды образцом ...

ОЦЕНКА АКТИВНОСТИ КЛЕТОЧНЫХ СИГНАЛЬНЫХ ПУТЕЙ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЕРОЯТНОСТНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ЭКСПРЕССИИ ЦЕЛЕВЫХ ГЕНОВ

... 1. Способ, включающий:выведение активности одного или более клеточных сигнальных путей в ткани медицинского субъекта, основанное по меньшей мере на уровне(-ях) экспрессии (20) одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), измеренном в извлеченном образце ткани медицинского субъекта, при этом выведение включает:выведение активности клеточного сигнального пути(-ей) в ткани медицинского субъекта посредством оценки по меньшей мере части вероятностной модели (40-1, …, 40-7), предпочтительно Байесовой сети (40-1, …, 40-7), представляющей клеточный сигнальный путь(-и) для ряда входных данных, включая по меньшей мере уровень(-и) экспрессии (20) одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), измеренный в извлеченном образце ткани медицинского субъекта;оценку (46) уровня в ткани медицинского субъекта по меньшей мере одного элемента транскрипционного фактора (TF), при этом по меньшей мере один элемент TF управляет транскрипцией одного или более целевых генов клеточного ...

ГЕНОМНЫЙ ОТБОР И СЕКВЕНИРОВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ КОДИРОВАННЫХ МИКРОНОСИТЕЛЕЙ

Изобретение относится к области биохимии, а именно к способу определения последовательности молекулы нуклеиновой молекулы-мишени. Получают олигонуклеотидный зонд захвата, присоединенный к кодированному микроносителю. Код микроносителя, представляющий собой нехромофорный штрихкод, идентифицирует последовательность указанного олигонуклеотидного зонда. Олигонуклеотидный зонд захвата гибридизуется с образцом, содержащим молекулу нуклеиновой кислоты с последовательностью, комплементарной последовательности зонда захвата. Затем определяют последовательность гибридизованной молекулы нуклеиновой кислоты, причем олигонуклеотидный зонд захвата служит в качестве праймера секвенирования. Далее определяют код микроносителя и идентифицируют последовательность олигонуклеотидного зонда захвата, соответствующую указанному коду микроносителя. Объединяют информацию о последовательности, полученную в результате секвенирования, с информацией, полученной в результате определения кода микроносителя, определяя ...

УСТРОЙСТВО, СОДЕРЖАЩЕЕ КАРДИОМИОЦИТЫ, И СПОСОБ ЕГО ИЗГОТОВЛЕНИЯ И ИСПОЛЬЗОВАНИЯ

Группа изобретений относится к области лекарственных средств и контроля их воздействия. Устройство для определения кардиотоксичности химического соединения содержит подложку (10), несущую деформируемый блок (34), причем блок (34) частично отделен от подложки полостью (32), обеспечивающей внеплоскостную деформацию блока. Блок (34) содержит первый деформируемый слой (16), второй деформируемый слой (20) и многоэлектродную структуру (18), прослоенную между первым и вторым деформируемыми слоями. При этом второй деформируемый слой содержит приклеенный к нему трафарет кардиомиоцитов (28) и контейнер для жидкости (26). Последний установлен на подложке для воздействия на кардиомиоциты химическим соединением. Способ изготовления указанного устройства включает выращивание оксидного слоя (12) на подложке (10), нанесение первого деформируемого слоя (16) на оксидный слой, нанесение и трафаретирование проводящего слоя (18) на первом деформируемом слое с образованием многоэлектродной структуры, нанесение ...

ГЕНОМНЫЙ ОТБОР И СЕКВЕНИРОВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ КОДИРОВАННЫХ МИКРОНОСИТЕЛЕЙ

... 1. Способ определения последовательности молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, включающий стадии:a) получение олигонуклеотидного зонда захвата, присоединенного к кодированному микроносителю, в котором код указанного микроносителя идентифицирует последовательность указанного олигонуклеотидного зонда,b) гибридизация указанного олигонуклеотидного зонда захвата с образцом, содержащим молекулу нуклеиновой кислоты, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность, которая по меньшей мере частично комплементарна последовательности олигонуклеотидного зонда захвата,c) определение последовательности гибридизуемой молекулы нуклеиновой кислоты со стадии b) путем генерации считывания последовательности по меньшей мере 2 нуклеотидов и определение последовательности нуклеотидов, включенных в указанное считывание последовательности,d) определение кода на микроносителе,e) идентификация последовательности нуклеотидов олигонуклеотидного зонда захвата, соответствующего коду на микроносителе ...

ОБРАБОТКА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Группа изобретений относится к области биохимии. Предложен аппарат и способ обработки нуклеотидных последовательностей, а также средство для секвенирования нуклеиновых кислот, молекулярной диагностики, анализа биологического образца, анализа химического образца, анализа пищевых продуктов и/или судебно-медицинского анализа. Аппарат включает массив электродов и прикрепленный к электроду наношарик, где к электродам избирательно приложимы электрические потенциалы для привлечения и/или отталкивания наношариков и/или несвязанных мешающих компонентов. Способ включает прикрепление к электроду наношарика и избирательное прикладывание к электродам массива электродов электрических потенциалов. Причём наношарик содержит представляющую интерес одноцепочечную повторяющуюся нуклеотидную последовательность. Изобретения обеспечивают эффективную обработку нуклеотидных последовательностей. 3 н. и 19 з.п. ф-лы, 1 ил.

УСТРОЙСТВО ДЛЯ ОКРАШИВАНИЯ ТРЕХМЕРНОЙ БИОПСИЙНОЙ ТКАНИ

Изобретение относится к медицинской технике. Способ обработки интактного трехмерного образца ткани включает этапы приема трубки, имеющей внутреннее пространство и, по меньшей мере, два открытых конца. Трубка выполнена с возможностью удерживать трехмерный образец ткани во внутреннем пространстве. Располагают трубку так, что один из двух открытых концов трубки расположен у канала для текучей среды. Нагнетают агент для обработки ткани через канал для текучей среды и в трубку так, что агент для обработки ткани проходит через ткань при удерживании ткани в трубке. Давление, при котором подается текучая среда для обработки ткани имеет величину, достаточную для обеспечения прохождения текучей среды через ткань. Раскрыта система для обработки интактного трехмерного образца ткани. Технический результат состоит в обеспечении обработки ткани трехмерного образца независимо от структуры. 2 н. и 8 з.п. ф-лы, 10 ил.

УСТРОЙСТВО, СОДЕРЖАЩЕЕ КАРДИОМИОЦИТЫ, И СПОСОБ ЕГО ИЗГОТОВЛЕНИЯ И ИСПОЛЬЗОВАНИЯ

... 1. Устройство для определения кардиотоксичности химического соединения, содержащее:подложку (10), несущую деформируемый блок (34), причем указанный блок частично отделен от подложки полостью (32), обеспечивающей внеплоскостную деформацию блока, и указанный блок содержит первый деформируемый слой (16), второй деформируемый слой (20) и многоэлектродную структуру (18), прослоенную между первым и вторым деформируемыми слоями, при этом второй деформируемый слой содержит приклеенный к нему трафарет кардиомиоцитов (28); иконтейнер для жидкости (26), установленный на подложке для воздействия на кардиомиоциты химическим соединением.2. Устройство по п.1, в котором один конец деформируемого блока (34) отделен от подложки (10), чтобы облегчить внеплоскостную деформацию блока при сокращении кардиомиоцитов (28).3. Устройство по п.1, в котором:полость (32) образуется в подложке (10);блок (34) вытянут над полостью, ипротивоположные концы блока прикреплены к подложке (10), облегчая, таким образом, внеплоскостную ...

УСОВЕРШЕНСТВОВАННАЯ СТРАТИФИКАЦИЯ ПАЦИЕНТОВ ДЛЯ ОЦЕНКИ ПРИГОДНОСТИ ТЕРАПИИ

Группа изобретений относится к медицине и касается способа стратификации пациента для оценки пригодности терапии для пациента, страдающего злокачественной опухолью, причем терапия направлена против каскада передачи сигнала, включающего стадию (i) определения состояния активации каскада передачи сигнала ER и/или PR для обнаружения в образце ткани пациента присутствия по меньшей мере одного представителя семейства ER и/или PR, причем указанный по меньшей мере один представитель является частью комплекса факторов транскрипции, и по меньшей мере одного белка, выбранного из группы, состоящей из TAF, TBP, POLII, TFII, p300, CREP и CBP, где по меньшей мере один белок является частью того же комплекса факторов транскрипции, где, если сигнальный путь стадии (i) определяют как являющийся активным, пациента стратифицируют как подходящего для эндокринного лечения. Группа изобретений также касается применения набора в указанном способе, причем набор содержит первое антитело, направленное против эпитопа ...

ПРОБОДЕРЖАТЕЛЬ ДЛЯ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОБ

УСТРОЙСТВО ДЛЯ ОКРАШИВАНИЯ ТРЕХМЕРНОЙ БИОПСИЙНОЙ ТКАНИ

ОБРАБОТКА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

КАРТРИДЖ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ПОДГОТОВКИ БИОЛОГИЧЕСКОГО ОБРАЗЦА

СПОСОБ ЛОГИЧЕСКОГО ВЫВОДА ОБ АКТИВНОСТИ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА ПУТИ СИГНАЛЬНОЙ ТРАНСДУКЦИИ У СУБЪЕКТА

ПРОБОДЕРЖАТЕЛЬ ДЛЯ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОБ

Изобретение относится к прободержателю. Система (100, 200) для обработки биологической пробы (S), являющейся биопсийной, содержащая прободержатель (110, 210) и по меньшей мере один дополнительный компонент (120, 130, 150), причем прободержатель содержит трубчатый элемент (111, 211), при этом трубчатый элемент (111, 211) содержит стенку, которая состоит по меньшей мере частично из прозрачного материала, и каждый из упомянутого по меньшей мере одного дополнительного компонента (120, 130, 150) имеет направляющую (123, 132, 232, 152), которая может соединяться с по меньшей мере частью трубчатого элемента (111, 211) прободержателя (110, 210), отличается тем, что трубчатый элемент (111, 211) содержит область, где стенка является проницаемой для реагентов. Технический результат – упрощение конструкции. 2 н. и 13 з.п. ф-лы, 9 ил.

УСОВЕРШЕНСТВОВАННАЯ СТРАТИФИКАЦИЯ ПАЦИЕНТОВ ДЛЯ ОЦЕНКИ ПРИГОДНОСТИ ТЕРАПИИ